Depuis le 1er septembre 2026, les règles relatives à la prescription des arrêts de travail évoluent.
Deux changements majeurs sont à retenir :
- le motif médical justifiant l’arrêt doit désormais être systématiquement renseigné ;
- la durée des prescriptions est plafonnée, avec une possibilité de dérogation lorsque l’état de santé du patient le justifie.
Ces nouvelles dispositions résultent notamment de l’article 81 de la loi de financement de la Sécurité sociale pour 2026 et du décret n° 2026-498 du 12 juin 2026.
1. Le motif médical de l’arrêt est désormais obligatoire
Depuis le 1er septembre 2026, pour toute prescription d’arrêt de travail hors accident du travail et maladie professionnelle, le professionnel de santé doit systématiquement préciser le motif médical justifiant l’interruption de travail.
Cette information est destinée au service médical de l’Assurance Maladie.
En pratique
Lorsque vous utilisez le téléservice e-AAT, disponible sur amelipro ou, lorsqu’il est proposé, directement dans votre logiciel de cabinet, le renseignement du motif médical est intégré au processus de prescription.
En cas d’impossibilité technique de réaliser la prescription de manière dématérialisée, le motif médical doit être renseigné en toutes lettres sur le volet 1 du formulaire papier sécurisé, dans la rubrique « éléments d’ordre médical ».
Confidentialité
Les éléments médicaux justifiant l’arrêt sont destinés au service médical de l’Assurance Maladie.
Ils ne doivent pas être communiqués à l’employeur.
2. La durée des arrêts est désormais plafonnée
Depuis le 1er septembre 2026, de nouveaux plafonds de durée s’appliquent aux prescriptions d’arrêt de travail hors accident du travail et maladie professionnelle.
Arrêt initial
La durée d’un arrêt initial ne peut pas dépasser 31 jours.
Prolongation
Chaque prolongation ne peut pas dépasser 62 jours.
Ces plafonds concernent notamment les arrêts à temps complet ainsi que le temps partiel thérapeutique, dans le champ prévu par les nouvelles dispositions.
3. Une dérogation est possible lorsque l’état de santé le justifie
Les plafonds de 31 et 62 jours ne constituent pas une interdiction absolue de prescrire une durée supérieure.
Lorsque l’état de santé du patient le nécessite, le professionnel de santé peut déroger à ces plafonds.
Dans ce cas, le dépassement doit être médicalement justifié sur la prescription, en tenant compte, lorsqu’elles existent, des recommandations établies par la Haute Autorité de santé (HAS).
En pratique
Si vous prescrivez une durée supérieure au plafond : la nécessité de cette durée doit être expliquée et justifiée.
En télétransmission, le téléservice permet d’identifier le dépassement et demande automatiquement la justification.
Pour une prescription sur formulaire papier sécurisé, dans l’attente de la nouvelle version du formulaire Cerfa, il convient d’ajouter :
- la mention de la dérogation ;
- sa justification médicale ;
dans la rubrique « éléments d’ordre médical », en complément du motif médical de l’arrêt.
4. Le téléservice e-AAT : le réflexe à privilégier
L’Assurance Maladie recommande l’utilisation du téléservice e-AAT, accessible depuis amelipro ou, lorsque la fonctionnalité est intégrée, depuis le logiciel du professionnel de santé.
La prescription dématérialisée permet notamment :
- de préremplir certaines données administratives grâce à la carte Vitale ;
- de sécuriser la transmission de l’avis d’arrêt de travail ;
- de faciliter et d’accélérer la transmission à l’Assurance Maladie ;
- d’accéder aux référentiels de durée ;
- de bénéficier de contrôles de cohérence lors de la saisie.
Lorsqu’un arrêt est prescrit en ligne, les éléments destinés à l’Assurance Maladie sont transmis électroniquement. Le volet 3, destiné à l’employeur, est remis au patient.
Bon réflexe
Privilégiez la prescription dématérialisée via e-AAT chaque fois que cela est possible.
5. Si la prescription papier est nécessaire
Lorsque la prescription dématérialisée n’est pas possible, l’utilisation du formulaire Cerfa sécurisé est obligatoire.
Les anciens formulaires papier non sécurisés sont rejetés par l’Assurance Maladie.
À retenir
- Ancien formulaire non sécurisé : rejeté
- Photocopie ou scan d’un formulaire : non accepté
- Formulaire Cerfa sécurisé : obligatoire lorsque la prescription papier est nécessaire
- Les formulaires sécurisés peuvent être commandés via amelipro.
6. Prescription en téléconsultation : attention à la règle des 3 jours
Les nouvelles règles de plafonnement à 31 jours et 62 jours ne doivent pas être confondues avec les règles spécifiques à la téléconsultation.
En principe, un arrêt de travail prescrit ou renouvelé en téléconsultation ne peut pas dépasser 3 jours.
Le patient ne sera pas indemnisé au-delà de cette durée lorsque l’arrêt prescrit en téléconsultation dépasse 3 jours, sauf exceptions prévues par la réglementation.
Des exceptions existent notamment lorsque :
- le prescripteur est le médecin traitant du patient ou son remplaçant ;
- le prescripteur est la sage-femme référente de la patiente ;
- dans le cadre d’une prolongation, le patient justifie l’impossibilité de consulter un professionnel de santé en présentiel.
7. Les référentiels de durée : une aide à la prescription
Lorsqu’un arrêt de travail est médicalement justifié, le médecin peut s’appuyer sur les référentiels de durée établis après avis de la Haute Autorité de santé.
- Ces durées constituent des repères.
- Elles doivent être adaptées à la situation clinique de chaque patient.
- Avec le téléservice e-AAT, les durées de référence peuvent être proposées automatiquement en fonction du motif médical renseigné.
8. Rappel : l’arrêt de travail est un acte médical
La prescription d’un arrêt de travail constitue un acte médical.
Elle doit être justifiée par l’état de santé du patient et prescrite lorsque l’interruption de travail est nécessaire à l’amélioration de son état de santé.
Le médecin évalue donc individuellement :
- l’état clinique du patient ;
- son incapacité à poursuivre ou reprendre son activité professionnelle ;
- la durée médicalement nécessaire ;
- les éventuelles recommandations de la HAS ;
- les conditions d’une reprise ou d’un aménagement de l’activité professionnelle.
EN PRATIQUE
Avant de valider un arrêt de travail, pensez à vérifier :
☐ L’arrêt est-il médicalement justifié ?
☐ Le motif médical est-il renseigné ?
☐ La durée de l’arrêt initial respecte-t-elle le plafond de 31 jours ?
☐ En cas de prolongation, la durée respecte-t-elle le plafond de 62 jours ?
☐ Si le plafond est dépassé, la dérogation est-elle médicalement justifiée ?
☐ La prescription est-elle réalisée via e-AAT lorsque cela est possible ?
☐ En cas de prescription papier, utilisez-vous bien le formulaire Cerfa sécurisé ?
☐ En cas de téléconsultation, avez-vous vérifié les règles spécifiques à la prescription d’un arrêt de travail ?
SOURCES ET TEXTES DE RÉFÉRENCE
Assurance Maladie – Médecins : Nouvelles règles de prescription d’arrêt de travail en vigueur depuis le 1er septembre 2026 : Consulter l’information de l’Assurance Maladie
Assurance Maladie – Prescrire un arrêt de travail : Consulter la rubrique « Prescrire un arrêt de travail »
Assurance Maladie – Informations destinées aux assurés : Voir les changements applicables depuis le 1er septembre 2026
Légifrance – Décret n° 2026-498 du 12 juin 2026 : Consulter le décret sur Légifrance